Что-то странное происходит в мегаполисе Нью-Йорке. Похоже один профессор собирает монстров, чтобы завоевать мир. Сейчас как нельзя кстати нужна помощь четырех друзей - черепашек ниндзя. Однако трое из них куда-то подевались и оставшемуся Леонардо придется приложить немало усилий, чтобы вызволить своих друзей и в дальнейшем спасти город.